BLS-2實驗室大多數是在原有建筑物內進行改建，不同于新建的BLS-2實驗室（國標中，要求新建BLS-2實驗室宜離開公共場所一段距離），在與相鄰其他房間之間，存在著一個相對隔離問題。所以在原有建筑物中改建BLS-2實驗室，應重點注意以下幾個問題。
1、在共用建筑物中建BLS-2實驗室，應設可自動關閉的帶鎖的門，必要時，可設立緩沖區域，如緩沖間等。
2、如果沒有機械通風系統，應有窗戶進行自然通風，并應有防蟲紗窗。（一般情況下，應有機械通風系統，否則，溫濕度指標難以保證）。
3、應有防昆蟲、鼠等動物進入和外逃的措施。

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